ruby-mode で auto-complete で補完すると，

勝手に改行が入るような気がする。

ファイル末尾に改行がはいってきもくて困ってたけど，
容疑者は auto-complete.el かな?
まあ，こういうときはだいたい犯人はワタシなんですけどね!

※追記 2012/11/07 (Wed) 19:23

はい，案の定，auto-complete.el は関係なかったです。
すみませんでした。
怪しいのは ruby-mode か。。。
うっとおしくて困るなー。
java-mode とかでは起きないんだよねぇ。

※追記 2012/11/07 (Wed) 19:36

わかった。
犯人は，ruby-mode.el 内の，#'ruby-mode-variables だった。
以下，該当部分を抜粋。

(defun ruby-mode-variables ()
  "Set up initial buffer-local variables for Ruby mode."
  (set-syntax-table ruby-mode-syntax-table)
  (setq local-abbrev-table ruby-mode-abbrev-table)
  (setq indent-tabs-mode ruby-indent-tabs-mode)
  (set (make-local-variable 'indent-line-function) 'ruby-indent-line)
  ;(set (make-local-variable 'require-final-newline) t) <-- 犯人
  (set (make-local-variable 'comment-start) "# ")
  (set (make-local-variable 'comment-end) "")
  (set (make-local-variable 'comment-column) ruby-comment-column)
  (set (make-local-variable 'comment-start-skip) "#+ *")
  (set (make-local-variable 'parse-sexp-ignore-comments) t)
  (set (make-local-variable 'parse-sexp-lookup-properties) t)
  (set (make-local-variable 'paragraph-start) (concat "$\\|" page-delimiter))
  (set (make-local-variable 'paragraph-separate) paragraph-start)
  (set (make-local-variable 'paragraph-ignore-fill-prefix) t))

変数 require-final-newline を t に設定してたことが問題みたい。
コメントアウトしておいたけど，nil にしても大丈夫なはず。
解決してよかった〜。